Hlavním cílem OP Doprava je přispět k zvýšení konkurenceschopnosti ČR prostřednictvím zlepšení dopravní dostupnosti, neboť doprava a dopravní obslužnost stále patří mezi nejvýznamnější problémové oblasti v ČR.
OP Doprava je členěn do tří věcných priorit. První priorita obsahuje intervence na železnici a na silniční síti TEN-T doplněné intervencemi v oblasti interoperability či inteligentních dopravních systémů (ITS). Druhá priorita poté cílí na silniční projekty mimo síť TEN-T a třetí priorita na projekty v oblasti městské dopravy (tramvajové a trolejbusové tratě) a infrastruktury alternativních paliv.